Die Krankheitserreger vermehren sich nach dem Stich eines infizierten Wirtes auch in der Mücke und gelangen so in die Speicheldrüsen. Allerdings müssen die Erreger auch die Mücke infizieren. Nicht jede Mücke überträgt auch jeden Krankheitserreger. Die Zeitspanne zwischen der Aufnahme eines Krankheitserregers und der Möglichkeit, ihn weiterzugeben, ist temperaturabhängig und dauert meistens zwischen 10 und 14 Tagen.
Zu den gefährlichsten von Stechmücken übertragenen Krankheiten gehören u.a. Malaria, im Lymph- oder Blutgefäßsystem lebende parasitäre Würmer, Gelbfieber, Denguefieber, West-Nil-Fieber, Chikungunyafieber, Rift-Valley-Fieber oder Bakterien.
Auch in Europa kommen von Stechmücken übertragene Krankheiten vor. Zu den bekanntesten zählen das West-Nil-Fieber und das Chikungunyafieber. Durch den Klimawandel bedingt ist von einer zunehmenden Infektionsgefahr durch Stechmücken auch in Deutschland auszugehen.
Die meisten Stechmücken in Deutschland sind aber harmlos.
Besonders lästig und in Deutschland weit verbreitet sind Zuckmücken. In Parks tanzen sie typischerweise im Schwarm. Obwohl sie durch ihr penetrantes Aufkommen das Picknick auf der Wiese ruinieren können, sind sie harmlos. Im Gegensatz zu anderen Mückenarten ernähren sich Zuckmücken nämlich nicht von menschlichem Blut, sondern von Pflanzennektar und Honigtau und übertragen somit keine Krankheiten. Gleiches gilt für stachellose Kohlschnaken. Völlig harmlos für den Menschen sind Wintermücken. Sie stechen nicht und übertragen deswegen auch keine Krankheiten. Ihrem Namen entsprechend überleben die zwölf verschiedenen Wintermückenarten auch die kalte Jahreszeit – sogar im Gebirge.